BIT04

PROGRAM


Program mini-workshopu BioInformatyka w Toruniu BIT04
2 VII - 3 VII 2004

Miejsce: sala 20, Instytut Fizyki UMK, 87-100 Toruń, ul. Grudziądzka 5
Organizator, info: dr hab. Wiesław Nowak, (56) 611-3204, Wiesiek@phys.uni.torun.pl

PIATEK 02.07.2004
11:15-11:20 Otwarcie workshopu
prof. dr hab. J. Szudy
(Dziekan WFAiIS)
11:20-12:15

Janusz M. Bujnicki
Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie; Pracownia Bioinformatyki i Inżynierii Białka

"Boltzmann vs Darwin: czy precyzyjne przewidywanie struktury białek na podstawie sekwencji jest możliwe"
12:15-13:15

Jarosław Meller
Cinncinati Childrens Hospital (Cinncinati USA i KIS-UMK Toruń)
"Techniki programowania liniowego w zastosowaniach do przewidywania struktur białkowych".

13:15 15:15 przerwa na obiad
15:15 -16:00 Krzysztof Grąbczewski i Norbert Jankowski

(KIS-UMK Toruń)
"Selekcja istotnej informacji z danych bioinformatycznych"
16:00-16:30 przerwa na kaw
16:30-17:15 Rafał Adamczak
Cinncinati Childrens Hospital (Cinncinati USA)
"Modele regresji liniowej i nieliniowej w przewidywaniu uwodnienia reszt aminokwasowych w białkach"
17:15-18:00 Krzysztof Kuczera
(U. of Kansas, Lawrence, USA)
Replica-exchange simulations of helix-coil equilibrium of a model peptide

18:05-18:20

18:20-18:40

18:40-19:00

Edyta Dyguda
(Politechnika Wrocławska)
Optymalne otoczenie katalityczne reakcji, a srodowisko oferowane przez enzym.

Michał Kosiedowski i Cezary Mazurek
 Instytut Chemii Bioorganicznej PAN, Poznańskie Centrum Superkomputerowo-Sieciowe.
 "Aplikacje i dane biologii obliczeniowej
w środowisku Progress".

Bartosz Nowierski
 Instytut Chemii Bioorganicznej PAN, Poznańskie Centrum Superkomputerowo-Sieciowe.
 "Asemblacja lancuchow DNA.
~19:30 pub: spotkanie towarzyskie przy produktach biotechnologicznych i modulowanych drganiach powietrza (jedzenie i PICIE na koszt własny) : SPICHRZ - ul. Mostowa 1 (w tym spotkanie z niedźwiedziem - model o rms 3 cm)
SOBOTA 03.07.2004
9:15-10:00 Aleksander W. Roszak (Glasgow Univ., Szkocja)
"Investigations of the bacterial photosynthetic system by X-ray crystallography: Crystal structure of the Reaction Centre-Light Harvesting I core complex from Rhodopseudomonas palustris".
10:00-11:00 Jarosław Meller
(Cinncinati Childrens Hospital (Cinncinati USA i KIS-UMK Toruń)
"Proste filtry do selekcji struktur natywnych do symulacji zwijania biaek".
11:00-13:00 warsztaty w Pracowni Dynamiki Molekularnej i Bioinformatyki WFAiIS UMK (do wyboru):
  • Ghostminer znajdzie wszystko?
    zespół KIS (IF UMK)
  • Poszukiwania białek podobnych
    J. Meller (U.Cinncinati, USA)
(kawa przy pracy)
13:00-13:45

Michał Gajda
Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie; Pracownia Bioinformatyki i Inżynierii Białka
"Zautomatyzowane przewidywanie struktury białek metoda dr Frankensteina"

oraz

Michał Boniecki
Pracownia Teorii Biopolimerów, Wydział Chemii, Uniwersytet Warszawski
oraz Pracownia Bioinformatyki i Inżynierii Białka, Międzynarodowy
Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie
"Teoretyczny model prionu: indukowanie nieprawidłowego zwijania białka
przez inne źle zwinięte białko."

13:45-14:00 Sławek Orłowski, Bartek Dobrzelecki, Wiesław Nowak
(Zespół Teoretycznej Biofizyki Molekularnej, Instytut Fizyki UMK)
"Lokalnie wzmocnione próbkowanie przestrzeni konformacyjnej pozwala zbadać mechanizm wiązania tlenu do neuroglobiny".
14:00 Zakończenie BIT04
Obiad w stołówce itp. (na koszt uczestników)
ćwiczenia nieformalne - otwarta pracownia dla chętnych.